Boc-L-苯甘氨醇被广泛地应用在药物合成方面，例如它可以作为合成３－磷酸肌醇依赖型蛋白激酶抑制剂的手性中间体之一，也可以作为合成沙格列汀、非莫西汀、帕罗西汀等热销药物的手性助剂。