在使用免疫印迹法、免疫沉淀法和免疫染色技术对蛋白进行标记和检测时，表位标签十分有用。由于分子量小，它们不太可能对标记蛋白的生化特性造成影响。

真核基因可克隆为大肠杆菌 β 半乳糖苷酶 (lacZ) 基因 (1-3)。这会导致包含带有 β 半乳糖苷酶标记的所需蛋白的融合蛋白表达。然后可利用该标记的抗体来隔离融合蛋白或检测其在细胞或组织内的表达水平。